Im Herbst 1979 übernahm Otto Rehagel das Team: Er führte sein Team zwar erneut ins Pokalfinale, aber in der Liga lief's nicht. Auch die auf Rehagel folgenden Trainer und die mit Stars gespickte Mannschaft rund um die Allofs-Brüder konnten das Ruder nicht wirklich herumreißen. Die Tabellenplätze wurden immer höher zweistellig und im Juni 1987 folgte der bittere Abstieg in die Zweitklassigkeit. Zweimal noch bäumte sich die Fortuna danach unter Cheftrainer Aleksandar Ristic auf: Von 1989 bis 1992 und von 1995 bis 1997 wehte wieder Erste-Bundesliga-Luft in der Landeshauptstadt - dann gings über die 2. Bundesliga und die Regionalliga ganz tief in den Keller der viertklassigen Oberliga. Um die Jahrtausendwende herum geriet der Verein in größere finanzielle Schwierigkeiten. Die Punk-Rocker der Toten Hosen erklärten sich daraufhin bereit, den Verein zwei Jahre lang zu sponsern. Das letzte Spiel der Fortuna im Rheinstadion fand am 3. März 2002 gegen Rot-Weiss Essen vor 21.000 Zuschauern statt (1:1). Im Herbst 2002 wurde dann das Stadion gesprengt, um Platz für eine Multifunktionsarena zu machen.
Während der Bauphase spielten die Düsseldorfer im Paul-Janes-Stadion am Flinger Broich. Seit der Saison 2005/2006 werden fast alle Heimspiele in der neuen LTU arena, die 51.500 Zuschauern Platz bietet, ausgetragen. Die Fortuna hat sich mittlerweile wieder bis in die Regionalliga nach oben gekämpft - mit der Hoffnung, unter dem neuen Cheftrainer Norbert Meier schnellstmöglich wieder zweitklassig zu werden.
In der Saison 2007/2008 gab es ein Herzschlag-Finale. Am letzten Spieltag lag man auf Tabellenplatz 3. Der nur zwei Punkte vor den Fortunen liegende Tabellenzweite RW Oberhausen musste auswärts gegen den Tabellenvierten Union Berlin, der selbst noch hätte aufsteigen können, ran. Die Düsseldorfer erreichten zwar einen 4:0-Sieg gegen Erfurt, doch die Oberhausener machten den Sack zu und sicherten sich den Last-Minute-Aufstieg.
In der Saison 2008/2009 gelang der lang ersehnte Aufstieg in die 2. Bundesliga, so dass ab dem Sommer 2009 die Gegner nicht mehr SV Sandhausen und Wacker Burghausen, sondern St. Pauli, MSV Duisburg und 1860 München heißen.
